办公室 负责政务工作，拟定工作计划和总结；制定各项管理制度并监督执行；承担保密、机要、接待、计生、后勤保障、基本建设、应急管理、行政会议组织等工作；承担工、青、妇工作，开展职工文化娱乐活动，保障和维护职工的合法权益。

组织人事科 负责党务工作，贯彻落实党的路线、方针政策，组织安排党委会议、学习和重要活动；负责贯彻落实组织、人事、劳动、老干部等方针政策；负责机构编制、领导干部选拔任用、人才队伍建设、岗位管理、职称评聘、工资福利、社会保险、考核、人事档案、退休职工管理等工作。

纪检科 负责全所党风廉政建设工作；检查落实基层组织、党员、干部、职工执行党的路线、方针政策及各项规章制度的情况；受理和协查信访、检举、控告和申诉等工作；承担“三重一大”事项、意识形态的监督落实工作。

计划财务科 依据国家各项财务政策，执行单位内部财务管理制度和计划；负责全所经费预（决）算，资金筹措、使用和管理工作；负责核实资金收支、财务记账、编制财务报表和年度报告；负责职工工资、奖金、福利的发放工作；负责公房物业费、水电费及个税、住房公积金、医疗保险金的缴纳；承担国有资产管理及专控商品购置、各类项目审计、财务票据使用及财务档案管理等工作。

科技与知识产权科 负责科技项目计划并监督执行：负责科技项目的筛选、申报、储备、验收、成果登记及评奖等工作；负责知识产权的登记备案和保护工作；负责科研成果统计及科技档案管理；组织开展学术交流活动。

技术服务科 负责林业设计资质的管理，承担生态治理工程类项目的规划及咨询技术服务、可行性论证、申报和招投标工作；负责工程类项目初步设计、实施方案的编制和科技成果转化及技术服务等工作。

信息宣传科 负责荒漠化信息数据资料管理和科技宣传工作；负责荒漠化信息数据平台的运行与管理；负责网络信息安全及网站维护、管理；承担防沙治沙科普、宣传和教育等工作。

重点实验室 负责甘肃省荒漠化与风沙灾害防治重点实验室建设及仪器设备的运行、维护和日常管理；开展沙漠化过程与机制、风沙灾害形成机理、沙化防治工程技术、荒漠水土资源及生物多样性保护与利用研究。

国际合作与交流中心 负责国外智力引进和对外科技合作与交流工作；执行荒漠化防治、生态恢复及区域生态保育等方面的国内外技术培训工作；负责申报并执行各类科技合作、引进智力等方面的国际合作与交流项目；负责职工继续教育培训工作。

负责甘肃河西走廊森林生态系统国家定位研究站的建设与日常管理；开展河西走廊灌木林生态系统的长期定位观测并提供基础数据和共享服务；负责退化荒漠灌木林修复重建；开展河西走廊灌木林生态基础理论和应用技术研究、生态效益评价和生态服务功能评估工作，为当地提供技术服务。

荒漠生态研究站 负责甘肃临泽荒漠生态系统国家定位研究站的建设与日常管理；开展河西走廊沙区盐渍化土地、沙地、戈壁生态系统“水、土、气、生”的长期定位观测并提供基础数据和共享服务；开展河西走廊盐渍化土地及沙地生态系统演变过程、规律和治理技术研究，为当地提供技术服务。

绿洲生态研究站 负责甘肃荒漠-绿洲-山地复合生态系统定位研究站的建设与日常管理；承担培训楼、实验楼、家属楼及设备物资、固定资产的后勤管理；开展祁连山、武威绿洲及民勤青土湖一线的生态系统监测与研究，掌握生态动态变化规律，为当地提供技术服务。