民勤国家野外观测研究站 负责甘肃民勤荒漠草地生态系统国家野外科学观测研究站的建设与日常管理；开展荒漠草地生态系统定位监测及数据采集和共享服务；开展荒漠-绿洲生态系统动态变化规律、沙尘暴观测研究、内陆河流域（石羊河）生态系统过程与演变、退化生态系统恢复与重建技术、防护林体系结构与功能研究，为当地提供技术服务。

基地综合科 负责民勤科研基地的行政、财务、文秘、宣传、后勤保障等工作；承担基地的基本建设、设备物资、固定资产管理、安全等工作；制定基地相关管理制度。

资源科 负责建设种苗基地和繁殖培育优良种苗；负责管理生态公益林和林地动植物资源；承担森林防火安全、科研试验用地及附属设施的管理，开展林业资金项目申报与实施。

民勤沙生植物园 负责民勤沙生植物园建设与管理工作；开展沙旱生及珍稀濒危植物引种保护与治沙植物筛选研究；承担沙旱生植物种质资源库的建设及运行管理工作，负责植物引种保护方面的对外技术交流等工作。

生态工程中心 负责甘肃省沙旱生植物保护与利用技术创新中心的建设与日常管理；开展沙旱生植物繁育及利用的关键技术研究，为沙旱生植物资源的保育、持续利用和生态保护、社会经济发展搭建技术平台。